Gene study erstellt einen Katalog von Biomarkern für verschiedene Krebsarten

Genetische Veränderungen in verschiedenen Arten von Zellen um den Körper herum führen zu Hunderten von verschiedenen Krebsarten. Wissenschaftler beginnen, Kataloge dieser genetischen Veränderungen oder Biomarker zu erstellen, so dass sie verwendet werden können, um mehrere Krebsarten aus nur einer Blutprobe zu diagnostizieren und zu inszenieren. Jedoch sind einige dieser Biomarker für viele verschiedene Krebsarten gemeinsam.
Mit zwei verschiedenen Gen-Datenbanken fanden die Forscher über 120 Krebs-Biomarker.

Nun, eine neue Studie in Japan und Australien durchgeführt und veröffentlicht in Krebsforschung hat eine große Anzahl von Genen identifiziert, die bei vielen verschiedenen Krebsarten "hochreguliert" sind. Die Hoffnung ist, dass dies zu Biomarker-Tests für die Früherkennung und damit schnelle Behandlung von Krebs führt.

Wenn ein Gen bei Krebs "hochreguliert" wird, bedeutet dies, dass das Gen in Krebszellen stärker exprimiert wird als in gesunden Zellen. Ein stärker exprimiertes Gen hat eine stärkere Wirkung - zum Beispiel, wenn das Gen für ein Protein oder Enzym kodiert, dann wird mehr von diesem Protein oder Enzym hergestellt.

Die Forscher glauben, dass die Stärke ihrer Studie von der Tatsache herrührt, dass sie zwei verschiedene Technologien verwendet haben, um die Biomarker "Pan-Krebs" zu finden.

Zunächst verwendeten sie Daten, die mithilfe einer Technologie namens Cap Analysis of Gene Expression (CAGE) im Rahmen des FANTOM-Projekts gewonnen wurden. Hier suchten sie nach Unterschieden in der Genexpression in 225 Krebszelllinien und 339 normalen Zellen.

Anschließend untersuchten sie Sequenzdaten von 4.055 Primärtumoren und 563 gesunden Geweben aus der Datenbank des Krebsgenom-Atlas (TCGA) und verglichen die beiden Ergebnisse, um nach genetischen Veränderungen zu suchen, die beiden Datensätzen gemeinsam sind.

Die Studie identifiziert 128 Krebs-Biomarker

Der erste Autor Bogumil Kaczkowski vom RIKEN-Zentrum für Life Science-Technologien in Japan erklärt, wie die beiden unterschiedlichen Datensätze es ihnen ermöglicht haben, ihre Stärken zu kombinieren und ihre Schwächen zu kompensieren:

"Die TCGA-Daten werden durch die Tatsache kompliziert, dass Tumorproben aus einer Mischung verschiedener Zellen bestehen, während die FANTOM5 CAGE-Daten aus Zellen stammen, die in Zellkultur gezüchtet wurden, wo Veränderungen aus dem Kulturprozess entstehen könnten In beiden konnten wir einen robusten Katalog erstellen. "

Aus der Analyse identifizierte das Team 128 Biomarker, die für beide Datensätze, die in einer Vielzahl von Tumorarten vorhanden sind, gemeinsam sind.

Einige der Biomarker sind bereits bekannt - wie TOP2A und MKI67.

Aber die Studie identifiziert auch eine Reihe von neuen Markern, darunter Hunderte von Promotoren - Teile des Genoms, die Genexpression auslösen. Sie fanden auch heraus, dass ein wenig bekanntes sich wiederholendes Element namens REP522 bei vielen Krebsarten hochreguliert zu sein scheint.

Co-Autor Piero Carninci, ebenfalls vom RIKEN Center for Life Science Technologies und einer der Leiter des FANTOM5-Konsortiums, kommt zu folgendem Schluss:

"Wir hoffen, dass die Forscher unsere Ergebnisse nutzen werden, um Marker für die vielen Krebsarten zu identifizieren, die derzeit keine brauchbaren Marker haben. Es könnte auch möglich sein, die von uns identifizierten Gene als potentielle Zielmoleküle zu targetieren Sie sind in vielen verschiedenen Arten von Tumoren hochreguliert. "

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