MRSA - Rapid Whole-Genone-Sequenzierung Auswirkungen auf die Infektionskontrolle

Forscher haben herausgefunden, dass die Sequenzierung des gesamten Genoms die Infektionskontrolle und das Patientenmanagement beeinflussen kann, da sie klinisch relevante Daten zur bakteriellen Übertragung liefert. In Zusammenarbeit mit Illumina-Forschern haben Wissenschaftler vom Wellcome Trust Sanger Institute der Universität Cambridge mithilfe der Sequenzierung des gesamten Genoms festgestellt, welche Isolate von Methicillin-resistenten Staphylococcus aureus (MRSA) Teil eines Krankenhausausbruchs waren, da aktuelle Labortechniken oft nicht zwischen MRSA unterscheiden können isoliert.
Die neue Studie, veröffentlicht in New England Journal of Medicine, hat gezeigt, dass die gesamte Genomsequenzierung nicht nur schnell genaue Daten liefern kann, sondern auch zwischen MRSA-Isolaten deutlich unterscheidet.
MRSA-Infektion ist ein führendes Problem der öffentlichen Gesundheit. US-Schätzungen aus dem Jahr 2008 zeigen, dass 15 249 Todesfälle 89 785 invasiven MRSA-Infektionen zugeschrieben wurden. Im Durchschnitt verbringen Patienten mit MRSA-Infektionen doppelt so lange im Krankenhaus wie andere Patienten, die aus denselben Gründen kamen. Längere Krankenhausaufenthalte und die Behandlung dieser Art von Infektionen erhöhen die Kosten der Gesundheitsversorgung.

Um eine Infektion im Gesundheitswesen besser zu kontrollieren, ist es wichtig, die bakterielle Übertragung schnell und genau zu identifizieren.
Die leitende Wissenschaftlerin Professor Sharon Peacock von der Universität Cambridge erklärt:

"Eine wichtige Einschränkung der gegenwärtigen Infektionskontrollmethodik besteht darin, dass die verfügbaren bakteriellen Typisierungsmethoden nicht zwischen verschiedenen MRSA-Stämmen unterscheiden können. Der Zweck unserer Studie war es, zu sehen, ob eine Genomsequenzierung von MRSA verwendet werden könnte, um zwischen verwandten Stämmen auf einer Genomebene zu unterscheiden und wenn dies die Ausbruchsuntersuchungen informieren und leiten würde. "

Die Forscher stützten ihre Studie auf einen MRSA-Ausbruch in einer Neugeborenen-Intensivstation, der bereits beendet war, erlangten Proben und sequenzierten sie in Echtzeit. Sie entdeckten, dass die Sequenzierung des gesamten Genoms es ihnen ermöglichte, zwischen Stämmen, die Teil des Ausbruchs waren, und solchen, die es nicht waren, zu unterscheiden. Dies zeigte, dass der Ausbruch im Vergleich zu aktuellen klinischen Tests schneller identifiziert werden konnte und somit möglicherweise die Größe des Ausbruchs reduziert werden konnte.

Co-leitender Forscher, Dr. Geoffrey Smith, Senior Director of Research bei Illumina erklärte:

"Diese Studie zeigt, wie Fortschritte in der Sequenzierung ganzer Genome wichtige Informationen zur Bekämpfung von Krankenhausausbrüchen in klinisch relevanten Bearbeitungszeiten liefern können. Da die Sequenzierung immer genauer und umfassender wird, kann sie zur Beantwortung einer Vielzahl von Fragen verwendet werden Unterscheiden Sie zwischen verschiedenen MRSA-Stämmen im Krankenhaus, konnten wir auch Antibiotika-Resistenz- und Toxingene, die in klinischen Isolaten vorkommen, schnell charakterisieren. "

Anschließend entwickelte das Team eine Liste aller MRSA-Gene, die Antibiotikaresistenzen verursachen, um eine schnelle Identifizierung der Arzneimittelresistenz bei MRSA-Stämmen zu ermöglichen. Dies hilft dem medizinischen Fachpersonal, jeden infizierten Patienten mit der bestmöglichen Therapie zu behandeln. Darüber hinaus bietet es ein leistungsfähiges Werkzeug, um neue Arzneimittelresistenzmechanismen zu entdecken.
MRSA erzeugt verschiedene einzigartige Toxine, die zu schweren klinischen Syndromen wie septischem Schock, Lungenentzündung und komplizierten Haut- und Weichteilinfektionen führen können. Die Forscher entwickelten eine Liste von Toxingenen, um diese Gene, die in den MRSA-Stämmen vorkommen, schnell zu identifizieren. Gegenwärtig können diese Toxine nur mit mehreren Assays in Referenzlaboratorien identifiziert werden.
Julian Parkhill vom Wellcome Trust Sanger Institute sagte:

"Die Unterscheidung zwischen Stämmen ist wichtig für das Management der Infektionskontrolle. Schnelles Handeln ist wichtig, um einen vermuteten Ausbruch zu kontrollieren, aber es ist ebenso wichtig, nicht verwandte Stämme zu identifizieren, um unnötige Stationsschließungen und andere störende Kontrollmaßnahmen zu vermeiden Englisch: tobias-lib.ub.uni-tuebingen.de/fron...s = 3042 & la = de Wir haben festgestellt, dass diese Methode ungenau ist und identifizierten zwei MRSA - Stämme, die identisch zu sein schienen aktuelle Methoden waren genetisch sehr unterschiedlich. "

Letztendlich wird die Verwendung der gesamten Genomsequenzierung Teil der routinemäßigen Gesundheitsversorgung sein, und diese Ergebnisse haben einen Beitrag zur Unterstützung der Sequenzierung des gesamten Genoms bei der Kontrolle von MRSA und anderen Ausbrüchen in Krankenhauseinrichtungen geleistet.
Professor Peacock folgerte: "Die nächste Stufe besteht darin, interaktive Werkzeuge zu entwickeln, die eine automatisierte Interpretation der Genomsequenz ermöglichen und klinisch aussagekräftige Informationen für das medizinische Personal liefern, ein notwendiger Fortschritt, bevor dies in die klinische Praxis überführt werden kann."
Geschrieben von Petra Rattue